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软件工程学科依托沈阳航空航天大学计算机学院、北方软件学院和知识工程中心建设，已具有软件工程一级学科工学硕士授予权和软件工程领域工程硕士培养权。软件工程的相关学科“计算机应用技术”是辽宁省重点学科、“计算机软件与理论”是辽宁省重点培育学科，这两个学科同时还是辽宁省“提升高等学校核心竞争力特色学科建设工程”优势特色学科。
软件工程学科面向国防和地方建设，对软件基础理论和前沿技术进行了大量的研究，近5年来，在软件过程与知识管理方向，先后承担了国家自然科学基金、国家863、国防预研、国防基础科研、省市攻关和工程中心建设等课题30余项，与航空航天企事业单位合作研发大量应用软件，具备了研发航空航天领域重大软件的能力。
多年来软件工程学科开展了软件过程与知识管理、机器学习、分布与并行计算、可信软件、数据服务工程等领域研究工作。在软件过程与知识管理方向，以应用领域为导向，研究了基于知识的软件工程理论、方法和实践过程。并将知识管理技术应用到协同翻译生产线中，即用知识工程方法指导机器翻译系统的开发，有效解决了大规模科技资料翻译过程中的翻译效率和翻译质量相矛盾的问题，该研究成果在国家创新工程“百万专利翻译项目”、国家大飞机专项“技术出版物翻译项目和国家重大专项”等项目中发挥了重要作用，其成果荣获“辽宁省科技进步一等奖”奖励。在机器学习方向，针对软件开发和软件系统的智能化需求，重点研究了机器学习的相关理论、方法和技术。在分布与并行计算方向，对分布式系统的理论和实现技术、片上多线程体系结构及容错技术进行了研究，并在华为软件和中航工业相关企事业单位进行了应用。在可信软件方向，重点研究了入侵检测技术、系统审计技术、访问控制策略、舆情监控技术和空间通信网络技术。完成了国家计算机网络与信息安全管理中心基金项目“基于主机的第三方系统审计、分析与防护工具”，研究成果先后获“中国航空学会科技进步三等奖”、“中航一集团科技进步二等奖”等。在数据服务工程方向，立足于工程数据库领域的理论与技术，开展了工程知识抽取与知识库构建技术、工程数据库应用技术等方面的研究，工程中将全三维信息相关技术、知识工程与知识管理技术、全生命周期管理技术有机融合，先后承担了“十五”攻关计划课题等多项科研项目，并应用于中国空空导弹研究院、沈阳黎明发动机(集团)有限责任公司等多家航空企事业单位。
学科目前已经形成了稳定的研究梯队，学科组成员中有教授7人，副教授16人，辽宁省百千万工程2人，企业教授级导师4人，专业研究(实验)室6个。学科依托校办企业格微软件公司，在软件产品的定义、开发、发布、运行和维护等方面，形成了一套行之有效的软件工程化方法。学科与沈阳飞机设计研究所、沈阳发动机设计研究所、沈阳飞机工业(集团)公司、沈阳黎明发动机工业(集团)公司、中国空空导弹研究院、沈阳航达机载设备公司等单位建立了合作关系并开展联合工程硕士培养。
